De Amer begint bij Geertruidenberg vanaf de plek waar de Donge samenvloeit met de Bergse Maas. De rivier is bijna twaalf kilometer lang en mondt uit in het Hollands Diep. De Amer passeert op zijn weg daar naar toe Drimmelen en Lage Zwaluwe. De rivier heeft zijn naam gegeven aan een van de grotere energiecentrales, de Amercentrale in Geertruidenberg, die sinds 1952 een groot deel van Zuid-Nederland van elektriciteit voorziet. Niet ver hiervandaan ligt de veel kleinere Dongecentrale.
Al vóór de Sint-Elizabethsvloed van 1421 voerde de Amer het Maaswater af richting zee. Na de Sint-Elizabethsvloed vormde de Amer een onderdeel van de binnenzee die ten oosten van het Eiland van Dordrecht was ontstaan, het zogenaamde Bergsche Veld. Gedurende de eeuwen daarna vonden er tal van aanslibbingen plaats in het Bergsche Veld, waardoor de Amer zijn huidige verloop kreeg.
Aan het eind van de negentiende eeuw werd besloten een einde te maken aan de vele overstromingen in dit deel van de provincie, door Maas en Waal, die bij Woudrichem bij elkaar kwamen, te scheiden en de Maasmond naar het zuiden te verleggen. Daarvoor was het onder meer nodig de Amer te normaliseren door het aanleggen van kribben en strekdammen. Zo konden de loop en de stroming van de rivier worden bewaakt. De rivier bleef bevaarbaar doordat er nu een vrij constante vaargeul was op een vaste plek. Dit vond allemaal plaats tussen 1886 en 1888.
Voor de verbinding tussen de Amer en de Maas bij Heusden werd de Bergse Maas gegraven. In 1904 werd deze aangesloten op de Amer. Deze heeft tegenwoordig een gemiddelde breedte van 400 meter en een gemiddelde diepte van NAP 5,05 meter.
Al vóór de 
Voor de verbinding tussen de Amer en de Maas bij Heusden werd de 
