Al in 1233 is er sprake van een molenplaats in Dinther en ook in 1309 wordt in dezelfde omgeving een molen vermeld. In beide gevallen moet het om een watermolen gaan, maar pas in 1433 wordt de Kilsdonkse Molen expliciet genoemd. Hij ligt dichtbij het punt waar de dorpsgrenzen van Dinther, Schijndel en Veghel bij elkaar komen.
We weten niet wie de molen heeft opgericht. Misschien was het de bewoner van het kasteel Zwanenburg, dat een stukje stroomopwaarts op een eilandje in de Aa lag. Maar het zou ook de eigenaar van een van de andere kastelen in de buurt van Dinther geweest kunnen zijn. Nog voor het einde van de vijftiende eeuw werd de molen aan beperkingen onderworpen. Vanaf 1491 viel de Kilsdonkse Molen namelijk onde de categorie van de zogenaamde wintermolens. Dat wil zeggen dat hij alleen mocht draaien tussen 1 oktober en 1 maart, dus zolang er voldoende water in de Aa stond.
Aanvankelijk beschikt de Kilsdonkse Molen over twee raderen. Pas jaren later ontstaat de unieke combinatie van een watervluchtmolen met een watermolen. De ene molen, uitgerust met een wiekenkruis en een waterrad, maalde rogge en boekweit tot meel. In de andere molen werd uit koolzaad spijsolie en veevoer geslagen. Daar kwam een einde aan toen in 1880 de waterraderen op last van de overheid moesten worden verwijderd. Ze veroorzaakten namelijk “opstuwing van het water” (of, met andere woorden, verhinderden de doorstroming van het water) en bezorgden de boeren in de omgeving daardoor wateroverlast. Ook de sluiswerken werden verwijderd. Vanaf dat moment kon alleen nog met windkracht worden gemalen.
Later maakten de wieken plaats voor een oliemotor en volgden steeds verdergaande aanpassingen. Bij het ingaan van de twintigste eeuw stond het complex leeg en verkeerde het in een erbarmelijke staat. Een afgeknotte molenromp en een leeg oliemolengebouw was alles wat resteerde van het eens zo trotse complex. Maar gelukkig ondernam de Stichting De Kilsdonkse Molen een geslaagde poging om in de jaren 2005-2009 de situatie anno 1880 in volle glorie te herstellen. Op 8 mei 2009 kon prins Friso het complex weer in gebruik stellen. Deze restauratie loopt gelijk op met het project van Waterschap Aa en Maas om de rivier de Aa weer te laten meanderen.
We weten niet wie de molen heeft opgericht. Misschien was het de bewoner van het 
Aanvankelijk beschikt de Kilsdonkse Molen over twee raderen. Pas jaren later ontstaat de unieke combinatie van een watervluchtmolen met een watermolen. De ene molen, uitgerust met een wiekenkruis en een waterrad, maalde rogge en boekweit tot meel. In de andere molen werd uit koolzaad spijsolie en veevoer geslagen. Daar kwam een einde aan toen in 1880 de waterraderen op last van de overheid moesten worden verwijderd. Ze veroorzaakten namelijk “opstuwing van het water” (of, met andere woorden, verhinderden de doorstroming van het water) en bezorgden de boeren in de omgeving daardoor wateroverlast. Ook de sluiswerken werden verwijderd. Vanaf dat moment kon alleen nog met windkracht worden gemalen.
Later maakten de wieken plaats voor een oliemotor en volgden steeds verdergaande aanpassingen. Bij het ingaan van de twintigste eeuw stond het complex leeg en verkeerde het in een erbarmelijke staat. Een afgeknotte molenromp en een leeg oliemolengebouw was alles wat resteerde van het eens zo trotse complex. Maar gelukkig ondernam de 
